A metodologia utilizada foi desenvolvida de forma colaborativa entre os parceiros de implementação do AmazonBeEco, tendo como ponto de partida a experiência da Conexsus no fortalecimento de negócios comunitários na Amazônia brasileira. Para isso, foi estruturada em duas fases complementares: a primeira, com o mapeamento dos negócios comunitários e de seus ecossistemas de apoio, reunindo informações sobre sua estrutura organizacional, atividades produtivas, acesso a mercados, composição social e redes de parceiros e serviços que apoiam seu desenvolvimento; e a segunda, com o mapeamento do ambiente regulatório, dos mecanismos financeiros e das oportunidades de mercado que envolvem esses negócios na região.
Para implementar essa metodologia, os parceiros combinaram análise de informações existentes, entrevistas, questionários, visitas de campo e diálogo direto com lideranças e membros de organizações comunitárias. Embora cada país tenha adaptado a execução às suas realidades territoriais, institucionais e logísticas, todos seguiram um mesmo marco metodológico regional, permitindo a construção de uma base de conhecimento integrada sobre a sociobioeconomia pan-amazônica.
Vale destacar que, até o momento, os dados referentes ao Brasil nesta base refletem o levantamento realizado em 2018, anterior à atual rodada de mapeamento regional.